El trazado del Tren Interurbano Toluca-Valle de México tiene una longitud de 57.7 km y dispone de 7 estaciones en viaducto. Santa Fe es la quinta estación en el sentido Toluca CDMX, y se sitúa en la Ciudad de México.  

La estación se ubica al centro del actual vaso regulador “Totolapa”, el cual se ubica al nor-oriente del Centro Comercial Santa Fe y está delimitado al nor-poniente con la Av. Vasco de Quiroga y en el lindero sur-oriente con la Autopista México-Toluca; La ubicación de esta estación es sobre el vaso regulador posibilita la creación de una estación tipo Kiss & Ride” permitiendo la construcción de un nivel intercambiador de gran amplitud que se adapta a las necesidades de los usuarios en esta zona.  

Rodeada principalmente de zona comercial, administrativa, de oficinas y habitacional, el diseño arquitectónico de esta estación parte de un análisis del emplazamiento, lo que genera una jerarquía dentro del sitio, debido a que en esta zona no se cuenta con elementos de infraestructura de transporte representativos del lugar.  

La estación a nivel urbano fungirá como un nodo de suma importancia, convirtiéndose en el centro de conexión ferrovial que facilitará la integración de la zona con la Ciudad de México y la Zona conurbada del Valle de Toluca.  

La estación Santa Fe se estructura en 4 niveles principales para su funcionamiento: Nivel Locales Técnicos (alberga locales técnicos y autotransformador), Nivel Intercambiador que mediante el uso de viaductos para vialidades sobre la cota de terreno se conecta vialmente para flujos de transporte vehicular público y privado así como flujos peatonales para el acceso de los pasajeros de nivel de calle hacia el nivel intercambiador de la estación.   

El Nivel de Vestíbulo concentra Locales Técnicos y servicios de segregación de Zonas Pago y No Pago para los usuarios de la Estación y desde este mismo nivel se accede al nivel de Andén una vez dentro de la zona de pago; En el Nivel de Andén se encuentra una plataforma doble que se localiza en ambos sentidos de la vía, lo cual facilita el esquema estructural así como evita la invasión del vaso regulador con la implantación de columnas que sustenten una estación tan ancha de doble vía y un andén central. El mismo nivel de andén dispone de una cubierta ligera translucida que junto con un sistema de fachadas modulares protegen a la estación de las inclemencias meteorológicas y contribuye a potenciar la imagen de la estación a los viajeros.