La estación Guadalajara Centro es parte de un proyecto conformado por 13 estaciones elevadas, 5 subterráneas.

Las estaciones subterráneas fueron diseñadas con el objetivo de reducir los elementos al máximo, buscando siempre la sencillez y rompiendo el esquema de las estaciones subterráneas en México, donde no logras observar el andén hasta que llegas a él. En las estaciones subterráneas de Guadalajara desde la entrada (vestíbulo) aprecias la llegada y salida de los trenes. Visualmente la estación funciona como una caja vacía con escaleras y pasillos que cumplen el propósito de la misma.

La estación conecta directamente la línea 2 con la Nueva línea 3 del tren ligero.